一九八八年國內科學教育學者為了促進科學教育之學術水準並加強各學術機構及研究人員之連繫， 於同年（ 一九八八年） 一月三十一日成立本學會。學會發行之《科學教育學刊》(Chinese Journal of ScienceEducation) 是國內科學教育重要刊物，於一九九三年發行第1 卷第1 期，於二○○八年進入TSSCI 名單內。學會每年除了召開會員大會外，另一項重要的活動即是每年十二月所舉辦的科學教育學術研討會，是國內科學教育學術界的一大盛事。主辦單位主要由三所師大( 臺灣、彰化、高雄) 輪流辦理，近年來科學教育學術研討會已擴展至國際型的研討會，增加國內科教研究對國際社群的貢獻。