2000年，在九州出版社的支持下，我们南京大学台湾研究所编纂和出版了一部《海峡两岸关系日志(1949～1998)》，约100万言，逐日列出有关两岸关系的重要事件。面世之后，受到两岸学界、政界及关心两岸关系人士的热烈欢迎，成为他们了解两岸关系历史进程的重要工具书。如今已经进入了2009年，近10年两岸关系出现了重要而深刻的变化，而且更加成为两岸同胞、海外侨胞，以及社会强烈关注的热点。因此，有必要编纂《海峡两岸关系日志》的续编，如实记录1999以来海峡两岸关系演变的历程，通过微观和具体的叙事，再现两岸互动的真实历史场景，从客观的历史视角，展示近1O年来有关两岸关系的全面、系统和简要的资讯，为海内外关心台海局势的人士理性观察、思考和评判这一时段的两岸关系演变提供基本的事实依据。
基于这一现实和学术的需求，在2006年初九州出版社向南大台研所征求2007年选题时，我们将编纂1999～2006年两岸关系“日志”的设想列入选题规划，并做了沟通。10月，我赴京参加九州社主持召开的有关会议时，专门向徐尚定社长通报了“日志”续编的编纂计划，获得了他们的同意和支持。同时，本选题也得到了南京大学人文基金的支助。于是，我们将编纂“日志”续编作为2007年的重点科研课题，立即组织本所教师和研究生，成立精干的编纂团队。由崔之清和刘相平担任主编，制定了编纂计划和撰稿规范，提供了“日志”的条目范本，作考也进行了专题性的分工。