自2008年以來，兩岸恢復了兩會的制度性協商會談。2009年4月6日，海協會副會長安民率理事團赴台交流，這是兩會恢復協商后海協會首度組團訪台。4月26日，海峽兩岸關系協會會長陳雲林與海峽交流基金會董事長江丙坤在南京舉行第三次會談。雙方就兩岸空中定期航班、金融合作、共同打擊犯罪及司法互助等議題進行了商談，就大陸資本赴台投資事宜交換意見，並討論了下半年兩會協商議題規划、加強會務聯系與交流合作等事宜。簽署了《海峽兩岸空運補充協議》、《海峽兩岸金融合作協議》、《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議》，並就大陸企業赴台投資事宜達成共識。根據《海峽兩岸金融合作協議》，雙方同意加強兩岸金融領域的廣泛合作，相互協助履行金融監管與貨幣管理職責，共同維護金融穩定；建立兩岸金融監管合作機制，盡快推動雙方商業性金融機構互設機構，繼續磋商兩岸金融機構准入及開展業務等事宜；逐步建立兩岸貨幣清算機制，先由商業銀行等適當機構，通過適當方式辦理現鈔兌換、供應及回流業務，並在現鈔防偽技術等方面開展合作。根據《海峽兩岸空運補充協議》，雙方同意將兩岸常態化包機轉換為空中定期航班，實現兩岸航空運輸業務正常化；增開南線和第二條北線雙向直達航路，將客運班次由目前每周108班增至270班，增加合肥、哈爾濱、南昌、貴陽、寧波、濟南等6個直航點。雙方在稅收互免、收入匯兌、航空安全等方面加強合作，按航空慣例處理相關事宜。

2009年是兩岸關系取得全面進展的一年，是兩岸關系進入和平發展的第二年。在這一年里，兩岸雙方努力保持良性互動，兩岸執政黨之間黨際交流和高層動出現新高潮。