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本書兩位作者黃小石博士與張德健博士，是卓有貢獻的物理學家與數學家，也是蒙神恩典被聖靈啟迪的基督徒。他們兩人從世間的三類現象：理智、苦難、與道德良善，以三棵世界知名的樹──蘋果樹、菩提樹、分別善惡樹為題，帶領讀者作深刻的反省。
藉由本身深厚的科學專業，兩位作者闡明：要從科學獲得自然的知識，與要從信仰中認識神一樣，「信心」是關鍵的一步。他們在書中舉了很多物理與數學的例子，予以解釋，讓讀者一睹科學家的思維及論證的方式，見證信仰與科學其實並不互相排斥。相反的，若能以信心的角度看，科學與信仰實能相輔相成，共同見證神。
藉由本身深厚的科學專業，兩位作者闡明：要從科學獲得自然的知識，與要從信仰中認識神一樣，「信心」是關鍵的一步。他們在書中舉了很多物理與數學的例子，予以解釋，讓讀者一睹科學家的思維及論證的方式，見證信仰與科學其實並不互相排斥。相反的，若能以信心的角度看，科學與信仰實能相輔相成，共同見證神。
- 朱序
- 林序
- 前言
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Part 1 蘋果樹篇
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智之端
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劍橋的蘋果樹
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萬有引力
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牛頓的洞見
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愛因斯坦與牛頓
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兩個孩子
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上帝的智慧
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智慧與聰明
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智慧的方程式
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智慧與良善
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你願我賜你什麼？
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分別善惡樹
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注釋—智之端
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妮娜的新衣：預定與自由
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理性的來源：自由意志
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妮娜
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所有權與使用權
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到底什麼對孩子更重要
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妮娜的新衣
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預定與自由
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自由知多少
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基督徒的新衣
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注釋—妮娜的新衣：預定與自由
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標準問題
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什麼是標準問題？
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百聞不如一見
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科學方法
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科學與聖經
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科學方法與信心
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注釋—標準問題
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從上帝創造看水的「演化」史
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水的特質
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水的來源
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水漫長的演化史
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與生物演化的比較
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注釋—從上帝創造看水的「演化」史
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一個最重要的「模式轉換」
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模式轉換
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人的兩個非「終極」基礎
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注釋—一個最重要的「模式轉換」
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蘋果樹篇附錄
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真理的探索
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前言
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真理必須與事實經歷符合
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真理必須有一致性
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真理必須有可行性
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真理必須有全面性
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真理必須具有簡潔性與美麗性
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真理與信心是不可分割的
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注釋—真理的探索
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無窮者的量帶
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音樂與數學
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電磁波與數學
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一以貫之的原則
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注釋—無窮者的量帶
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Part 2 菩提樹篇
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菩提樹篇引言
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苦難與完全
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愛與苦難
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亞伯拉罕
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雅各
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約瑟
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摩西
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保羅
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苦難也是一種恩典
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殉道士的血
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你們要完全
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苦難是個過程，不是目的
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注釋—苦難與完全
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一個無從問起的問題
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帕洛馬的問題
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苦難是不是邪惡的？
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誰能使我們與上帝的愛隔絕呢？
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苦難解決的唯一途徑：耶穌基督
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注釋—一個無從問起的問題
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菩提樹篇附錄
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麈土和爐灰中的懊悔（上）
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前言
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試煉風暴的真正緣由
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天庭聚會的中心議題
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神如何回應撒但的挑戰？
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撒但的反應如何呢？
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約伯的回應又如何呢？
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注釋—麈土和爐灰中的懊悔（上）
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麈土和爐灰中的懊悔（下）
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撒但對約伯的第二次攻擊
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約伯只是上帝與撒但針鋒相對下的犧牲品？
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我們應該如何看待苦難這個又大又難的問題呢？
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上帝在苦難中有更深一層的美意
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結語
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注釋—麈土和爐灰中的懊悔（下）
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有福的人
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福，佑也
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五福臨門
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滿足的喜樂
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你們要喜樂
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誰是有福的人？
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有福之道
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哈佛大學格蘭特終生研究
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上帝是我們的喜樂
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注釋—有福的人
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五福臨門的再思
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知福
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惜福
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保福
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造福
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傳福
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注釋—五福臨門的再思
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Part 3 善惡樹篇
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善惡樹篇引言
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狄奧根尼的搜尋
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狄奧根尼
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虛謊的面貌
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眼睛與花
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十誡與「榮譽規則」
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沒有義人，連一個也沒有
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注釋—狄奧根尼的搜尋
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七宗罪
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十罪不赦
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七宗罪
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人的失落
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善與惡
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驕傲（Pride）
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嫉妒（Envy）
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憤怒（Wrath）
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懶惰（Sloth）
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貪婪（Greed）
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暴食（Gluttony）
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色慾（Lust）
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21世紀美國大罪
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結論
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注釋—七宗罪
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不知者的窘境
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隨機過程與道德
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不知者不罪？
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父啊！赦免他們
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注釋—不知者的窘境
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罪與救贖
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前言
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罪是從一人入了世界
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罪是什麼？
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罪的後果
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贖罪祭
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注釋—罪與救贖
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善惡樹篇附錄
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走在善惡選擇的鋼索上
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良善與善行
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良善的定義
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巴斯提雅的詭辯
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人本主義與道德危機
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注釋—走在善惡選擇的鋼索上
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