本書蒐羅了作者近幾年來所寫的三十多篇文章，之所以將書取名為「百年離亂」，不僅指的是兩岸的百年分裂所帶來的心靈裂傷，並且來自兩岸現代化過程與傳統斷裂所造成的各種迷惘。作者認為，台灣/中國人在這個精神層次上的破碎化問題是兩岸現今諸種難題的癥結所在，也是作者多年困思的場域。本書內容可分為三個方面：卷一「台灣/中國身分的百年糾結」，乃是探討兩岸長期分裂下的身分認同問題；卷二「殖民/現代化的百年迷障」，則論及兩岸在不同型式的現代化下，與傳統斷裂所造成的諸種難題；而由於上述這些斷裂使得台灣的政治發展竟走上族群動員之路，並因而形成整個社會的困局，這正是卷三「族群政治的困局與破解」關注之所在。