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國立故宮博物院與外交部結緣得從民國37年細說起。民國37年12月21日，徐蚌戰況緊急，首都南京受到威脅，為顧及故宮文物安全，政府考慮遷運。而同時與故宮第一批運臺文物登上中鼎輪的即是包括外交部六十箱承繼自前清總理各國事務衙門及外務部的重要檔案。這批外交檔案的命運與故宮文物相同，歷經抗戰、勘亂、輾轉播遷，最後落腳臺中霧峰北溝。外交部也曾與本院、中央博物院、中央圖書館、中央研究院史語所及北平圖書館合組「六機關聯合辦事處」，可謂淵源深厚。54年本院在臺北外雙溪復院，40多年來與外交部合作無間，共同肩負起接待國際友人，拓展文化外交與維繫國際關係。首次與外交部合作在本院辦理外交檔案展，則是於民國86年7月1日舉辦「從『南京條約』到『日本投降』的恥痛與奮發－中華民國力爭自由、平等外交史料特展」，即香港與九龍新界地區回歸大陸那年。此展焦點為全世界媒體尋找與香港命運息息相關的《中英江寧條約》與《中英展拓香港界址專條》，此項展覽充分滿足了國際媒體需求，是一次成功的檔案展。民國89年，澳門回歸，又合作舉辦「滄海桑田－澳門史料特展」，展出《中葡北京條約》等相關外交史料。這兩個展覽非但開啟兩部院合作策展的前例，也讓外交部深入瞭解本院典藏環境，以及對文物保存、維護與策展的專業能力，建立外交部將鎮部之寶前清條約原檔悉數寄存本院的信任基礎。民國90年，國家檔案法開始施行，外交部思考如何處理部中尚存歷史檔案，基於對本院的專業維護且前清檔案應歸故宮的考量，遂決定將珍藏130多年的清季重要條約協定173件及615幅條約界圖寄存本院，迄今十年。本院為求寄存詳實，除登錄編目，拍攝建檔外，並於95年起與中央研究院近代史研究所共同進行數位化作業。目前寄存本院的第一批外交檔案包括條約原件與界圖多已建檔，以及百年來被注記為「極機秘」的中俄交涉秘檔及疆域界圖，也在外交部同意下全面公開，除由圖書文獻處策劃「失落的疆域－中俄外交史料特展」外，也在本院圖書館善本圖書室中開放資料庫供讀者查閱。