「淡新檔案」為清代淡水廳及新竹縣的行政與司法檔案，亦是前清時代臺灣府縣檔案之唯一現存者。據戴炎輝教授在《清代淡新檔案整理序說》記述，此批檔案在清末割據之際，由日本新竹地方法院承接，轉送覆審法院（即高等法院），再由覆審法院贈送臺北帝國大學文政學部，作為學術研究之用。戰後該批檔案移交本校法學院，並由戴炎輝教授主持整理工作，將此原已殘破散亂之檔案逐件予以裱褙修補，並有系統地將之分為行政、民事及刑事三門，門下再分類、款、案、件，民國75年該檔案轉由本館特藏組接收典藏，清點實得總案數為1143案、19281件。淡新檔案編輯出版的計畫始於民國82年，由歷史系張秀蓉教授、吳密察教授等專家組成編輯委員會，依戴教授之分類，訂定校註體例，逐類逐件校勘註釋，於民國84年出版第一至第四冊，涵蓋行政門之總務及民政兩類。基於推廣學術之責任，本館於民國86年起接續淡新檔案之編輯出版，敦請吳密察教授主持，率領歷史研究所學生 ，於民國90年出版第五至第八冊，涵蓋行政門之財政及建設兩類；民國93年出版第九至第十二冊，涵蓋行政編之建設、交通及軍事三類；民國94年出版第十三至第十六冊，涵蓋行政編撫墾類；民國95年出版第十七至第二十冊，涵蓋民事編之人事及田房類；民國96年出版第二十一至第二十四冊；民國97年出版第二十五至第二十八冊；民國98年出版第二十九至第三十二冊，涵蓋至刑事編之財產侵奪類；民國99年出版第三十三冊至第三十六冊，涵蓋至刑事編之風化類；已全數出版完畢。